O "Preço Loja" ficar abaixo do "Valor" indica falta de configuração fiscal para a filial, também é preciso verificar no SKU o campo "CST do ICMS" que pode estar em branco.
E a configuração fiscal que pode estar incompleta, ou estar vazio o cadastro da configuração fiscal para a filial.
Nestes casos para ajustar, é preciso solicitar ao responsável pela parte fiscal.